川越のシンボル「時の鐘」の鐘楼をくぐり抜けた奥に鎮座している。元は薬師堂であり、元町(現本町)市場の市神として常陸国から元和年間に勧請された。その後同9年現在地へ遷座し、瑞光山医王院常蓮寺と称する天台宗の寺になった。その後神仏分離により廃寺となり、薬師堂は薬師神社と改称した。川越大火の折、薬師像のみかろうじて運び出され、現社殿はその翌年に時の鐘とともに再建された。